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Cristoli: le nouveau virus découvert par une équipe de l’hôpital Mondor de Créteil

Cristoli: le nouveau virus découvert par une équipe de l’hôpital Mondor de Créteil © WCC CDC Cynthia Goldsmith
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Cristoli virus, en clin d’oeil aux habitants de Créteil, les Cristoliens, voilà comment a été baptisé un nouvel orthobunyavirus responsable d’une encéphalite mortelle, par une équipe de recherche de l’hôpital Henri Mondor de Créteil (AP-HP). Quasi-concomitamment, l’Institut Pasteur a révélé avoir aussi identifié un orthobunyavirus, déjà connu celui-là, sur deux patients morts d’encéphalite. Explications.

Dans la famille des Bunyaviridae, les orthobunyavirus sont transmis par les moustiques. Cette typologie de virus, qui compte à ce jour quelque 170 sortes différentes, en comprend déjà plusieurs pathogènes pour les humains et animaux comme par exemple le virus de la Crosse qui peut donner lieu, en cas de forme grave, à une encéphalite. Cette famille contient aussi beaucoup de virus qui ne sont pas pathogènes.

Le Cristoli Virus, lui, a été découvert à partir de la biopsie cérébrale d’une patiente de La Pitié Salpêtrière décédée des suites d’une encéphalite en mars 2019, à l’âge de 58 ans. Pour séquencer l’ADN du virus, l’équipe du professeur Jean-Michel Pawlotsky a recouru à la méthode globale du fusil de chasse (shotgun) qui consiste à balayer l’ensemble des fragments génomiques et de les classer ensuite, au lieu de les hiérarchiser avant de les séquencer. Une technique portée au CHU Mondor par Christrophe Rodriguez, chef de la plateforme de génomique de l’établissement. L’avantage de cette méthode est son coût et sa rapidité.

De quoi révéler un virus encore inconnu à ce jour, même si proche du virus Umbre, qui semble également être responsable d’encéphalites mortelles chez des patients au système immunitaire déficient selon une étude de l’Institut Pasteur publiée quelques jours après celle de Mondor.

Alors que la patiente n’avait pas voyagé à l’étranger avant l’apparition des premiers symptômes, l’équipe suggère « que le virus Cristoli est endémique en France » et aurait pu être transmis par une piqûre de moustique comme les autres virus de ce type. « Les changements dans la distribution des espèces de moustiques liés au changement climatique pourraient rendre de telles transmissions plus fréquentes à l’avenir. Dans ce contexte, la méthode de métagénomique que nous avons développée est particulièrement utile pour détecter les agents infectieux inhabituels ou émergents chez les patients atteints de syndromes infectieux non attribués », indique le groupe de chercheurs.

Concernant le virus Umbre, identifié par l’Institut Pasteur sur deux patients décédés d’encéphalite dont l’un vivait en Occitanie et n’avait pas voyagé hors de France, l’institut a mené une investigation sur les moustiques en partenariat avec le CIRAD de Montpellier et l’EID Méditerranée, qui a permis d’identifier des séquences du genre orthobunyavirus également proches du virus Umbre dans des moustiques Culex de Camargue.

Si la circulation de ces types de virus semble établie par les équipes de chercheurs, cela ne veut pas dire que des pandémies du type Covid 19 vont en résulter. La patiente étudiée par l’équipe de chercheurs de Mondor était très fragilisée par des antécédents médicaux de même que les patients étudiés par Pasteur étaient immuno-déprimés.

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